小鲨鱼2018

2024年6月25日

摘要： https://blog.csdn.net/crewkickse/article/details/131513734 4：代表这个序列没有mapping到参考序列上 8：代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上 64 ：代表这个序阅读全文

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比对文件sam文件的解读

摘要：比对文件sam文件的解读阅读全文

posted @ 2024-06-25 00:14 小鲨鱼2018 阅读(2) 评论(0) 推荐(0) 编辑

smtools软件提取比对到和未比对到参考基因组上的bam数据

摘要： 001、 #提取比对到参考基因组上的数据 samtools view -b -F 4 lane.sam > lane.bam #提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools view -b -f 4 lane.sam > lane.bam 提取双端序列都比对到参考序列（4+8）的结果： sam 阅读全文

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2024年6月23日

linux 中检测后台任务

摘要： 001、 [root@PC1 test2]# ls test.sh [root@PC1 test2]# cat test.sh ## 脚本 #!/bin/bash seq 10000000000000000000000000000000000000 &> /dev/null [root@PC1 te 阅读全文

posted @ 2024-06-23 15:30 小鲨鱼2018 阅读(4) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux 中输出第一个空格或者制表符之前的所有内容

摘要： 001、方法1 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 阅读全文

posted @ 2024-06-23 15:16 小鲨鱼2018 阅读(2) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux 中 grep -P参数的作用

摘要： 001、 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 2 阅读全文

posted @ 2024-06-23 15:08 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux 中 grep -P 选项 perl正则限制两侧进行匹配

摘要： 001、 [root@PC1 test3]# echo "Hello, my name is aming."|grep -P '(?<=Hello, ).*(?= aming.)' Hello, my name is aming. 002、 [root@PC1 test3]# ifconfig | 阅读全文

posted @ 2024-06-23 14:53 小鲨鱼2018 阅读(2) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ggplot2绘制采样地，手动批量指定颜色、性状、大小、设置图例

摘要： 001、原始数据 Longitude Latitude diqu subspe num -104 39 West_Europe Bos_taurus 10 -3 56 West_Europe Bos_taurus 30 -3 51 West_Europe Bos_taurus 20 2 -44 Ce 阅读全文

posted @ 2024-06-23 12:42 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting. Session Stop (Error: Failed to open TCP connection for SSH)

摘要： 01、 [liujiaxin01@PC1 test2]$ ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -T -P33001 fasp-g1k@fasp.1000genomes.ebi.ac.uk:vol1/ftp/re 阅读全文

posted @ 2024-06-23 10:50 小鲨鱼2018 阅读(12) 评论(0) 推荐(0) 编辑

aspera下载nr数据库

摘要： ascp -QT -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 1000M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/nr.00.tar.gz ./ 002 ascp -QT -i ~/. 阅读全文

posted @ 2024-06-23 10:22 小鲨鱼2018 阅读(2) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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